黑色素痣是由一群良性的黑色素细胞，聚集在表皮与真皮的交界产生的，黑色素细胞可能会分布在网状真皮下部，结缔组织束之间，围绕皮肤的其它附属器官如汗腺、毛囊、血管、神经等等，偶尔还会延伸到皮下脂肪。